Medienberichten zufolge listete der Landesrechnungshof Berlin in seinem Prüfbericht vom 26. November zahlreiche Fälle von Missmanagement auf. Demnach stellte die Finanzbehörde fest, "dass das DIW angesichts des aufgezeigten Beanstandungspotenzials von mehr als sieben Millionen Euro seiner Verpflichtung zur zweckentsprechenden, wirtschaftlichen und sparsamen Verwendung der Zuwendungsmittel in erheblichem Umfang nicht nachgekommen ist".

Besonders rügen die Prüfer den Berichten zufolge die Vergabe von Aufträgen. Das DIW habe es seit Jahren versäumt, Ausschreibungen vorzunehmen. In mehreren Fällen habe es das DIW versäumt, das Land Berlin um Zustimmung zu fragen. Das Land finanziert zusammen mit dem Bund den Grundhaushalt des Instituts.

Das DIW erklärte, es werde den Ermittlern alle Unterlagen zur Verfügung stellen und ihnen vollständige Kooperation anbieten.